Z uporabo jezikovne in namenske metode razlage ter ustavno skladne razlage 3. točke prvega odstavka in četrtega odstavka 4. člena ZDTon so dohodki iz poslovanja z ladjami v mednarodni plovbi tudi dohodki od prodaje ladij, vključenih v sistem davka na tonažo, če se v roku petih let od prodaje porabijo za nakup ene ali več ladij oziroma ladjarske družbe ali deleža ladjarske družbe. Če pa ta pogoj reinvestiranja dohodka od prodaje ladij v petih letih od prodaje ni izpolnjen, potem mora zavezanec te dohodke vključiti v davčno osnovo. Ta davčna osnova se ugotavlja po zakonu, ki ureja davek od dohodkov pravnih oseb. V danem primeru je to ZDDPO-2, davčno osnovo pa se ugotavlja v skladu z 12. členom ZDDPO-2. Obdavčen je dobiček (presežek prihodkov in odhodki) in ne dohodek od prodaje ladij oz. celoten izkupiček od prodaje ladij, kot to na strani 34 obrazložitve izpodbijane odločbe navaja davčni organ.

Tožnik kot lastnik poslovnih prostorov, ki jih oddaja v najem pravni osebi, ki v njih opravlja dejavnost, ni oproščen plačila davka od premoženja.

Pri vračilu preveč plačanega prispevka za zaposlovanje invalidov je, upoštevaje jezikovno, sistematično in tudi logično razlago predpisa, treba upoštevati določbo prvega odstavka 99. člena ZDavP-2, po kateri zavezancu od preveč odmerjenega in plačanega davka (od dneva plačila) pripada tudi pravica do obresti, ki se obračunajo v skladu s 96. členom ZDavP-2. Določbe ZDavP-2, ki se nanašajo na davek, veljajo po 2. alineji tretjega odstavka 3. člena ZDavP-2 tudi za prispevke za zaposlovanje, kamor lahko glede na namen uvrstimo tudi prispevke za vzpodbujanje zaposlovanja invalidov po ZZRZI.

S tem, ko je pritožbeni organ I. točko izreka odmerne odločbe odpravil, po mnenju sodišča ni izdal upravnega akta, ki bi lahko postal dokončen. Po presoji sodišča je napačno stališče toženke, da je odločba Ministrstva za finance DT-499-16-99/2016-6 z dne 2. 6. 2017 glede točke I. izreka odmerne odločbe postala dokončna. Glede na dejstvo, da je pritožbeni organ odpravil točko I izreka odmerne odločbe, ni s tem v ničemer oblikoval ali spremenil pravnega položaja tožnika in tudi ni ugotavljal pravnih razmerij in pravnih dejstev. Zato odločitev pritožbenega organa o odpravi točke I izreka odmerne odločbe ni upravni akt in ne more dobiti učinka materialne dokončnosti oziroma pravnomočno urejenih upravopravnih razmerij.

Razlaga pravil upravnega postopka na način, da je treba predlog oz. vlogo stranke za odlog davčne izvršbe zavreči na podlagi 2. točke prvega odstavka 129. člena ZUP, ki določa, da organ najprej preizkusi zahtevo in jo s sklepom zavrže, če vložnik v vlogi ne uveljavlja kakšne svoje pravice ali pravne koristi oziroma, če po tem zakonu ne more biti stranka, je v obravnavanem primeru napačna. Tožnikovo sporno vlogo bi bilo treba obravnavati kot (zgolj) procesni predlog, ne pa kot zahtevo v smislu 129. člena ZUP, posledično pa prvostopenjski organ tožnikove vloge ne bi smel zavreči po cit. pravni podlagi, saj se ta ne nanaša na obravnavanje procesnih predlogov strank.

Oseba ima možnost vstopiti v postopek tudi po izdaji prvostopenjske odločbe, vendar le, če odločba posega v njene pravice ali pravne koristi. V takem primeru lahko v roku, ki je določen za stranko, pritožbo. Iz prvega odstavka 229. člena ZUP izhaja, da ima zoper odločbo, izdano na prvi stopnji, stranka pravico pritožbe. Pritožbo lahko vloži tudi vsaka druga oseba, če odločba posega v njena pravice ali pravne koristi.

Račun tudi po presoji sodišča, enako kot ugotavljata že davčna organa, ne izpolnjuje pogojev, ki jih določa 82. člen ZDDV-1 za vsebino računa, obenem pa predložene listine, kot izhaja iz izpodbijane odločbe, tudi ne izkazujejo, da so bile zaračunane storitve dejansko opravljene, kar je sicer osnovni pogoj za priznanje pravice do odbitka vstopnega DDV, ki ga je tožeča stranka uveljavljala v davčnem obračunu in ki ji ga skladno s povedanim ni mogoče priznati.